Placée sous la tutelle technique du ministère de l’Agriculture de la Souveraineté Alimentaire et de l’Elevage (MASAE) et sous la tutelle financière du Ministère des Finances et du Budget, l’ANIDA comprend deux organes : le Conseil de Surveillance et la Direction Générale. L’Agence est constituée de directions, services et cellules au niveau central et des coordinations de zones au niveau déconcentré.

Elle a été créée dans le but de promouvoir le développement d’une agriculture moderne, diversifiée, basée sur la maitrise de l’eau et pourvoyeuse d’emplois rémunérateurs et durables pour les jeunes.